起訴書顯示，2008年8月至2011年12月，陳英旭用自己課題總負(fù)責(zé)人的身份，將關(guān)聯(lián)公司列為課題外協(xié)單位，再通過(guò)授意關(guān)聯(lián)公司開具虛假發(fā)票、編造虛假合同、編制虛假賬目等手段，將1022.6646萬(wàn)元專項(xiàng)科研經(jīng)費(fèi)套取或者變現(xiàn)非法占為己有。

　　兩家關(guān)聯(lián)公司是杭州高博環(huán)?？萍加邢薰?以下簡(jiǎn)稱“高博公司”)、杭州波易環(huán)保工程有限公司(以下簡(jiǎn)稱“波易公司”)，兩公司的實(shí)際控制人系陳英旭的博士生楊尚源、王云龍。

　　苕溪課題共分10個(gè)子課題，其中高博公司參與了第3子課題，高博公司、波易公司參與第4子課題，波易公司參與第10子課題。而檢察院最終認(rèn)定出問(wèn)題的，是第4子課題與第10子課題。

　　在一些人士看來(lái)，更值得反思的是科研經(jīng)費(fèi)管理上的問(wèn)題。

　　戴夢(mèng)華就認(rèn)為，雖然陳英旭在科研經(jīng)費(fèi)上的操作確有不規(guī)范之處，但更多的是源于科研經(jīng)費(fèi)管理的諸多主客觀因素。

　　陳英旭是2008年正式接手苕溪課題，課題的實(shí)施期為2008年8月至2010年12月。但其中國(guó)撥經(jīng)費(fèi)2009年4月才到位，地方財(cái)政的配套資金更是遲遲未能完全落實(shí)。

　　“苕溪課題實(shí)施時(shí)間短，經(jīng)費(fèi)撥付又存在滯后性。因此，很多研究工作很難在實(shí)施期限內(nèi)完成或達(dá)到良好的效果。”戴夢(mèng)華說(shuō)，據(jù)了解，苕溪項(xiàng)目的實(shí)際操作周期又比預(yù)想的時(shí)間長(zhǎng)，至少需要5年的時(shí)間。但根據(jù)財(cái)政部的相關(guān)規(guī)定，課題實(shí)施期限到期做結(jié)題驗(yàn)收后，未用完的科研經(jīng)費(fèi)要退回國(guó)家。

　　他在辯護(hù)詞中寫道，考慮到課題后期工作主要有示范工程重整修復(fù)、運(yùn)行維護(hù)以及產(chǎn)業(yè)化推廣等重要工作，仍需要大量的資金支持，從而保證科研成果得到有效的保護(hù)，為將來(lái)產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營(yíng)以及“十二五”課題的申報(bào)和運(yùn)行打下良好的基礎(chǔ)，因而，“課題組只能通過(guò)變通的方式，將部分將來(lái)需要用的資金轉(zhuǎn)移出來(lái)，目的仍然是為將來(lái)課題的深入開展維護(hù)做更好的服務(wù)”。

　　戴夢(mèng)華表示，科研經(jīng)費(fèi)與行政費(fèi)用不同，很多花費(fèi)按照現(xiàn)行規(guī)定無(wú)法做預(yù)算。例如，高博公司在課題申報(bào)開始，組織力量協(xié)助陳英旭開展水專項(xiàng)的前期調(diào)研和協(xié)調(diào)工作，至國(guó)撥經(jīng)費(fèi)到賬前，高博公司實(shí)際發(fā)生包括業(yè)務(wù)費(fèi)、差旅費(fèi)、人員工資和津貼、辦公費(fèi)用等各項(xiàng)費(fèi)用共計(jì)85萬(wàn)多元。“這些費(fèi)用都是為苕溪課題服務(wù)的，但是無(wú)法體現(xiàn)到預(yù)算中，國(guó)撥經(jīng)費(fèi)中也沒(méi)有對(duì)這些費(fèi)用進(jìn)行補(bǔ)償”。

　　同時(shí)，按照規(guī)定，項(xiàng)目的示范工程應(yīng)該由地方財(cái)政配套或者企業(yè)投入，但實(shí)際操作的時(shí)候，地方財(cái)政始終無(wú)法落實(shí)相關(guān)費(fèi)用，企業(yè)也不愿出錢，“課題組只能通過(guò)高博公司和波易公司從國(guó)撥資金中尋求支持”。

　　記者在走訪浙江大學(xué)環(huán)境與資源學(xué)院時(shí)，也聽到了類似的看法。一位不愿意透露姓名的教師表示，陳英旭的出事更多的是因?yàn)榭蒲薪?jīng)費(fèi)的體制問(wèn)題，“你想想，2009年把錢撥出來(lái)，2010年讓你結(jié)題把錢花光，這肯定不科學(xué)。我們做課題也碰到過(guò)這樣的問(wèn)題，也是要自己掏錢。有些項(xiàng)目還好，資金到位之前，先墊付，賬掛著，資金到位之后，我們可以把這個(gè)錢還掉，但是像他這個(gè)大項(xiàng)目，很容易出事。”

　　有關(guān)重大專項(xiàng)科研經(jīng)費(fèi)管理的《民口科技重大專項(xiàng)資金管理暫行辦法》是2009年9月才出臺(tái)。而有關(guān)墊付和歸墊的規(guī)定《關(guān)于加強(qiáng)和規(guī)范民口科技重大專項(xiàng)資金墊付與歸墊管理有關(guān)事項(xiàng)的通知》是2010年11月出臺(tái)，有關(guān)驗(yàn)收的文件《水體污染控制與治理科技重大專項(xiàng)驗(yàn)收暫行管理細(xì)則》則是在2011年7月出臺(tái)征求意見稿。

　　戴夢(mèng)華認(rèn)為，法律的滯后和實(shí)際操作過(guò)程中的種種問(wèn)題，才導(dǎo)致了苕溪課題組最終出現(xiàn)科研經(jīng)費(fèi)的問(wèn)題，“從中央到地方，從科研院所到各類學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)，在項(xiàng)目科研經(jīng)費(fèi)使用上不合規(guī)的并非個(gè)別現(xiàn)象，這與經(jīng)費(fèi)使用管理制度缺乏和滯后有關(guān)”。