起訴書顯示，2008年8月至2011年12月，陳英旭用自己課題總負責(zé)人的身份，將關(guān)聯(lián)公司列為課題外協(xié)單位，再通過授意關(guān)聯(lián)公司開具虛假發(fā)票、編造虛假合同、編制虛假賬目等手段，將1022.6646萬元專項科研經(jīng)費套取或者變現(xiàn)非法占為己有。

　　兩家關(guān)聯(lián)公司是杭州高博環(huán)?？萍加邢薰?以下簡稱“高博公司”)、杭州波易環(huán)保工程有限公司(以下簡稱“波易公司”)，兩公司的實際控制人系陳英旭的博士生楊尚源、王云龍。

　　苕溪課題共分10個子課題，其中高博公司參與了第3子課題，高博公司、波易公司參與第4子課題，波易公司參與第10子課題。而檢察院最終認(rèn)定出問題的，是第4子課題與第10子課題。

　　在一些人士看來，更值得反思的是科研經(jīng)費管理上的問題。

　　戴夢華就認(rèn)為，雖然陳英旭在科研經(jīng)費上的操作確有不規(guī)范之處，但更多的是源于科研經(jīng)費管理的諸多主客觀因素。

　　陳英旭是2008年正式接手苕溪課題，課題的實施期為2008年8月至2010年12月。但其中國撥經(jīng)費2009年4月才到位，地方財政的配套資金更是遲遲未能完全落實。

　　“苕溪課題實施時間短，經(jīng)費撥付又存在滯后性。因此，很多研究工作很難在實施期限內(nèi)完成或達到良好的效果。”戴夢華說，據(jù)了解，苕溪項目的實際操作周期又比預(yù)想的時間長，至少需要5年的時間。但根據(jù)財政部的相關(guān)規(guī)定，課題實施期限到期做結(jié)題驗收后，未用完的科研經(jīng)費要退回國家。

　　他在辯護詞中寫道，考慮到課題后期工作主要有示范工程重整修復(fù)、運行維護以及產(chǎn)業(yè)化推廣等重要工作，仍需要大量的資金支持，從而保證科研成果得到有效的保護，為將來產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營以及“十二五”課題的申報和運行打下良好的基礎(chǔ)，因而，“課題組只能通過變通的方式，將部分將來需要用的資金轉(zhuǎn)移出來，目的仍然是為將來課題的深入開展維護做更好的服務(wù)”。

　　戴夢華表示，科研經(jīng)費與行政費用不同，很多花費按照現(xiàn)行規(guī)定無法做預(yù)算。例如，高博公司在課題申報開始，組織力量協(xié)助陳英旭開展水專項的前期調(diào)研和協(xié)調(diào)工作，至國撥經(jīng)費到賬前，高博公司實際發(fā)生包括業(yè)務(wù)費、差旅費、人員工資和津貼、辦公費用等各項費用共計85萬多元。“這些費用都是為苕溪課題服務(wù)的，但是無法體現(xiàn)到預(yù)算中，國撥經(jīng)費中也沒有對這些費用進行補償”。

　　同時，按照規(guī)定，項目的示范工程應(yīng)該由地方財政配套或者企業(yè)投入，但實際操作的時候，地方財政始終無法落實相關(guān)費用，企業(yè)也不愿出錢，“課題組只能通過高博公司和波易公司從國撥資金中尋求支持”。

　　記者在走訪浙江大學(xué)環(huán)境與資源學(xué)院時，也聽到了類似的看法。一位不愿意透露姓名的教師表示，陳英旭的出事更多的是因為科研經(jīng)費的體制問題，“你想想，2009年把錢撥出來，2010年讓你結(jié)題把錢花光，這肯定不科學(xué)。我們做課題也碰到過這樣的問題，也是要自己掏錢。有些項目還好，資金到位之前，先墊付，賬掛著，資金到位之后，我們可以把這個錢還掉，但是像他這個大項目，很容易出事。”

　　有關(guān)重大專項科研經(jīng)費管理的《民口科技重大專項資金管理暫行辦法》是2009年9月才出臺。而有關(guān)墊付和歸墊的規(guī)定《關(guān)于加強和規(guī)范民口科技重大專項資金墊付與歸墊管理有關(guān)事項的通知》是2010年11月出臺，有關(guān)驗收的文件《水體污染控制與治理科技重大專項驗收暫行管理細則》則是在2011年7月出臺征求意見稿。

　　戴夢華認(rèn)為，法律的滯后和實際操作過程中的種種問題，才導(dǎo)致了苕溪課題組最終出現(xiàn)科研經(jīng)費的問題，“從中央到地方，從科研院所到各類學(xué)術(shù)機構(gòu)，在項目科研經(jīng)費使用上不合規(guī)的并非個別現(xiàn)象，這與經(jīng)費使用管理制度缺乏和滯后有關(guān)”。